三周目开局时，咱们会发现自己站在家门口，大木博士会主动过来询问图鉴收集情况。如果已经集齐60种以上宝可梦，他会帮忙升级成全国图鉴模式，这是开启三周目剧情的关键条件。若还没达标，先去野外多抓些宝可梦凑数。升级图鉴后，前往精灵联盟会发现四天王的冰天王科拿外出旅游，主线剧情自然引导咱们乘船前往1号岛。
抵达1号岛后，直奔岛上的网络中心，和里面的NPC对话得知需要红宝石修复设备。这时咱们需要前往灯火山，沿途会遇到两名火箭队残党，击败他们后进入山洞深处找到红宝石。带着红宝石返回网络中心交差，NPC会透露还需要蓝宝石，并赠送彩虹通行证，允许自由往返七岛。这段剧情是解锁后续岛屿探索的核心步骤。
拿到通行证后，咱们可以前往4号岛。刚下船就会遇到劲敌小茂，但他这次不会对战。岛上有个冰洞需要探索，里面的大瀑布暂时无法攀爬，但能捡到HM07攀瀑术。学会后就能登上瀑布深处，触发冰天王科拿与火箭队的剧情。帮科拿解决火箭队后，她会透露5号岛有火箭队仓库，这是寻找蓝宝石的重要线索。
接下来乘船到5号岛，右上角空地有一群火箭队成员，击败他们后会发现仓库需要密码才能进入。继续往右冲浪会遇见一位老爷爷，他会送咱们一颗宝可梦蛋。之后进入不归洞穴，深处会遇到一个女孩，送她回家后能获得道具奖励。最后来到6号岛，用居合斩打开南边大门，在洞穴迷宫按左、右、下的顺序掉入隐藏层，就能找到蓝宝石。
带着蓝宝石回1号岛交给NPC，设备修复完成，三周目的通信功能全面解锁。这时可以自由探索七岛，包括7号岛的训练师塔和8号岛的神兽洞穴。超梦会在华蓝洞窟最底层等待，记得带上会冲浪和攀瀑的宝可梦。三周目的隐藏剧情和神兽捕捉就此展开，耐心探索每个岛屿的细节，享受完整的冒险体验吧！
