地下洞穴神瞳的获取通常需要结合解谜、探索和特定角色技能。这类神瞳往往隐藏在复杂地形或需要触发机关才能进入的区域，例如璃月的遁玉陵水下岩神瞳、须弥的活力之家地下草神瞳等。获取前需确保队伍配置合理，推荐携带岩属性角色（如岩主）生成垫脚石，风属性角色激活风场，以及火/雷属性角色应对元素机关。部分神瞳还需完成世界任务解锁区域权限，例如须弥地区的斯露莎道具或稻妻的雷种子机制。
探索地下洞穴时需优先解锁传送锚点与七天神像，便于快速定位神瞳位置。通过地图标记功能记录已收集的神瞳，避免重复探索。部分神瞳位于水位下方或屏障内，需通过解谜降低水位或引导仙灵归位。例如遁玉陵水下岩神瞳需点燃四个火柱激活岩元素方碑，水位下降后需找到三个仙灵解除屏障。类似机制也出现在稻妻知比山遗迹中，需召唤雷种子穿越雷屏障。
部分地下神瞳需通过隐藏通道或特殊入口进入。例如须弥活力之家地下区域需从特定井口跳入，而桓那兰那右下洞穴需弹奏老旧诗琴开启隐藏道路。建议在探索时注意环境细节，如发光提示、四叶印牵引点或可破坏的岩壁。蒙德与璃月地区的神瞳多依赖传统解谜，而须弥和稻妻则更依赖区域专属机制，如草元素共鸣或雷极牵引。
若遇到无法直接获取的高处神瞳，可结合地形与角色技能。岩主荒星可垫高，温迪或万叶的风场能辅助飞行，钟离的岩柱亦可作为攀爬支点。须弥地区部分神瞳需利用斯露莎调整四叶印位置，稻妻则依赖雷种子等级提升穿越高阶屏障。部分神瞳位于多层地下空间，如赤王陵或铄石之丘，需通过升降梯或完成黄金梦乡等任务解锁深层区域。
游戏内神瞳总数固定，但部分因任务进度限制可能暂时无法获取。例如轻策庄左上角岩神瞳需完成古云有螭任务，而枫丹4.2版本的水神瞳需优先解锁实验室遗址区域。系统性的探索顺序能提升效率，优先清理主线与支线任务可减少后续重复探索的时间成本。
